سید محمد موسوی خوئینی‌ها

از پرتال جامع مسئولین جمهوری اسلامي ايران
پرش به: ناوبری، جستجو
پرونده:سید محمد موسوی خوئینی‌ها.jpg
سید محمد موسوی خوئینی‌ها، روحانی سیاست‌مداری که در سال 1384 دبیر مجمع روحانیون مبارز شد. وی به همراه مجمع، در انتخابات ریاست جمهوری سال 88، از میرحسین موسوی حمایت کرد. او پس از برگزاری انتخابات نیز مواضع ساختارشکنانه ای را اتخاذ کرده و رسماً خواستار ابطال انتخابات شد. نقش او در عمق یافتن آشوب و تنش و همچنین بروز درگیری های خونین تهران پس از انتخابات سال 88 چشمگیر بود.


زندگینامه[ویرایش]

سید محمد موسوی خوئینی‌ها در سال 1320 در قزوین متولد شد. وی دروس طلبگی را در خردسالی در قزوین آغاز کرد و در سال 1340 راهی قم شد و در کلاس درس افرادی چون مصطفی اعتمادیان، جعفر سبحانی، حسینعلی منتظری، محمدباقر سلطانی طباطبایی و محمدتقی طباطبایی نشست.

سوابق و مسؤولیت‏ها[ویرایش]

دبیر مجمع روحانیون مبارز دادستان کل کشور امیر الحاج ایران نایب‌رئیس دوره اول مجلس سرپرست سازمان صداوسیما نماینده مجلس خبرگان رهبری نماینده مجلس خبرگان قانون اساسی عضو شورای بازنگری قانون اساسی عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام فعالیت‌ها تأسیس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام انتشار روزنامه سلام

موسوی خوئینی ها پیش از انقلاب[ویرایش]

پدر سید محمد در جریانات مربوط به پیشه‌وری کشته شده بود و این موضوع باعث شد تا وی دارای گرایشات شدید مارکسیستی شود. البته شواهد زیادی وجود دارد که این مطلب را اثبات می‌کند و نشان می‌دهد که خوئینی‌ها قبل از انقلاب با ارائه تفاسیر کمونیستی از قرآن، ایجادکننده اختلافات شدیدی بین خود و شهید مطهری گشته بود. سید محمد پس از تبعید امام خمینی (ره) به نجف رفت تا از کلاس‌های ایشان استفاده کند ولی یک سال بعد توسط دولت عراق اخراج گردیده و به قم بازگشت اما به خاطر اختلاف نظر با روحانیون غیرسیاسی، قم را هم نتوانست تحمل کند و به تهران رفته و کلاس‌های تفسیر قرآن در مسجد جوزستان نیاوران را دایر کرد که با استقبال جوانان روبرو شد. مهم‌ترین فعالیت موسوی خوئینی‏ها پیش از انقلاب مربوط به جلسات تفسیر وی در این مسجد بود که جمعیت قابل‌توجهی در این جلسات حاضر می‌شدند. جلسات تفسیر وی از دو جنبه حائز اهمیت بود: محتوای جلسات و ثمره جلسات. در بعد محتوا روشی که او در تفسیر قران بکار می‌گرفت متأثر از ادبیات حاکم آن زمان و نتیجه نوع تفکر خوئینی‌ها بود. وی نزاع و درگیری و مبارزه را به عنوان اصل حاکم و جاری در آیات قرآن می‌دانست و سعی می‌کرد تمام آیات قران را بر همین اصل تفسیر کند و بر همین اساس بوده که خوئینی‌ها به دام تفسیرهای مادی و تفسیر به رأی می‏افتد تا جایی که حتی خود وی هم به این نتیجه می‌رسد که نمی‌توان بر این اساس آیات را تفسیر کرد. با مشخص شدن روش تدریس و آن چه که خوئینی‌ها در کلاس‌های خود به مخاطبان ارائه می‌کرد؛ بسیاری بر وی خرده گرفتند و اعتراض خود را علنی کردند. شهید مطهری از این گروه بود. خوئینی‌ها در مسجد «جوزستان» علیه شهید مطهری، شهید بهشتی، شهید باهنر و شهید مفتح سخن می‌گفت و به دلیل آنکه شهید مطهری و شهید مفتح در دانشگاه تدریس می‌کردند، حتی آیه «یصدون عن سبیل الله» را بر آن‌ها تطبیق می‌کرد. گودرزی، از عناصر مطرح گروهک فرقان، هم به مسجد جوزستان رفت‌وآمد داشت و به گفته مبارزان انقلابی سخت تحت تأثیر سخنان موسوی خوئینی‌ها بود. ماهنامه فرهنگی تاریخی «یادآور»، ویژه گروهک فرقان با عنوان «بازخوانی کارنامه فرقان و فرقان گونگی در تاریخ انقلاب؛ فاصله روشنفکری تا خشونت» که از سوی مؤسسه مطالعات تاریخ معاصر ایران منتشر می‌شود. در گفتگو با افراد مختلف با دیدگاه‌های گوناگون به بررسی تمامی ابعاد این گروهک پرداخته است:

علی مطهری دراین‌باره می‌گوید: علی مطهری (فرزند شهید) می‌گوید: فرقانی‌ها متأثر از افکار مارکسیستی بودند و با تیپی که مخالف کتاب «مسئله حجاب» بودند، فرق داشتند. این‌ها داعیه روشنفکری داشتند و به جریان التقاط متعلق بودند. البته متحجر هم بودند ولی نوعی متحجر روشنفکر و متأثر از مارکسیسم و می‌خواستند اسلام را بر مارکسیسم تطبیق بدهند و احکام اسلامی را بر اساس مارکسیسم توجیه کنند. علی مطهری تأکید می‌کند که گروهک فرقان متأثر از افکار کسانی چون آقای موسوی خوئینی‌ها و رهبر گروهک فرقان بوده‌اند، وی می‏گوید: «من معتقدم این‌ها بیشتر متأثر از افرادی چون موسوی خوئینی‌ها و دکتر پیمان بودند و همین طور از نهضت آزادی خارج از کشور، دکتر یزدی، قطب‌زاده و جزواتی که از طرف آن‌ها می‌آمد. در جزوه ای که آن‌ها برای سالگرد دکتر شریعتی منتشر کرده بودند و احتمالاً متعلق به دکتر یزدی و گروهش بود، به شهید مطهری حمله و ایشان را در کشتن دکتر شریعتی، همکار رژیم شاه معرفی کرده بودند! آن‌ها «عدل الهی» و «خدمات متقابل ایران و اسلام» را مسخره کرده و گفته بودند که افرادی که به دنبال تحکم پایه‌های رژیم شاهنشاهی هستند، این مطلب را می‌نویسند. گودرزی و دوستانش بیشتر متأثر از این حرف‌ها بودند. «از این رو است که بخشی از مبارزان انقلاب، عنوان می‌کنند که شهید مطهری معتقد بود، منبرهای آقای موسوی خوئینی‌ها گروه فرقان را پرورش داده است. حجت‌الاسلام جعفر شجونی، عضو جامعه روحانیت مبارز، هم در اظهاراتی صریح تر عنوان کرده است که شهید مطهری حتی گفته که خوئینی‌ها مارکسیست شده است.

افشای شجونی: حجت‏الاسلام شجونی می‌گوید: «موسوی خوئینی‌ها علیه آقای مطهری با به کار بردن آیه «یصدون عن سبیل‌الله»، آن را این‌طور معنی می‌کرد که یک عده‌ای سد راه انقلاب هستند، با دولت‌ها سازش می‌کنند، بعد هم بهشتی و باهنر را جزو آموزش و پرورش و معاونین فرخ رو پارسا معرفی می‌کردند. مطهری را هم علناً اسم می‌برد و می‌گفت با دولت سازش کرده است و این‌ها را مزاحم انقلاب می‌دانست. مطهری به موسوی خوئینی‌ها پیغام داده بودند که این قدر تفسیرهای مارکسیستی نکن. خلاصه می‌گفت که این‌ها مزاحم و سد راه انقلاب هستند و نمی‌گذارند انقلاب خمینی (ره) پیروز شود.» شجونی ادامه می‌دهد: «آقای آقا رضی شیرازی به اتفاق آقای مطهری به دیدن آیت‌الله انواری که از زندان آزاد شده بود، رفت؛ دیدند آقای موسوی خوئینی‌ها آنجا نشسته است. آقای رضی می‌گوید: تا من و آقای مطهری وارد خانه انواری شدیم،... از جا بلند شد و رفت و مطهری به انواری گفت: «آقای انواری! این را می‌شناسی؟» گفت: «نه!» گفت: «از کسانی است که مسائل اسلامی را به شیوه مارکسیستی و کمونیستی تفسیر می‌کند.»

صباغیان از ارتباط گروه فرقان با خوئینی‌ها: هاشم صباغیان که از اعضای نهضت آزادی است و از نزدیک در جریان ارتباط گروه فرقان با موسوی خوئینی‌ها بوده، درباره جلسات این گروه و ارتباط آن با خوئینی‌ها در سال‌های پیش از انقلاب می‌گوید: «واقعیت این است که ما در آن موقع هنوز به جوهره‌ی تفکر آن‌ها پی نبرده بودیم و فقط در واکنش به شعارهای تندی که می‌دادند، می‌گفتیم: دارند نظم مسجد را به هم می‌زنند! خود من بعدها ماهیت فرقانی‌ها را فهمیدم و متوجه شدم که از محصولات جلسه تفسیری آقای موسوی خوئینی‌ها هستند! همه می‌گفتند جلسات تفسیری آقای خوئینی‌ها خیلی شلوغ است. ما به دلیل فشردگی کارهایی که داشتیم، نمی‌رسیدیم برویم ببینیم چه می‌گوید. یکی دو بار گزارش‌هایی از این جلسات رسید و مهندس بازرگان که خودش تسلط کافی به قرآن داشت، از این سخنان، اظهار ناخشنودی کرد. ایشان ناراحت بود و می‌گفت که این برداشت‌ها خطرناک هستند.» صباغیان اضافه می‌کند: «خاطرم هست قبل از انقلاب جلساتی با حضور آقای مطهری، آقای موسوی اردبیلی، مهندس بازرگان، مهندس کتیرایی و ... تشکیل می‌شد به نام «کاک» که برای بررسی در مورد همین نوع مسائل بود. در آنجا هم این مسئله را مطرح کردند که اگر این تفاسیر ادامه پیدا کنند؛ خطرناک خواهد بود، ولی با نزدیک شدن به پیروزی انقلاب و مطرح‌شدن اولویت‌های دیگر، رسیدگی به این مسئله ممکن نشد.» وی در ادامه به عزم شهید مطهری برای مقابله با تحلیل‌های مارکسیستی آقای خوئینی‌ها اشاره و عنوان می‌کند: «یکی از ویژگی‌های بارز شهید مطهری این بود که پس از مطالعه و تحقیق در باره مطلبی وقتی که به یقین می‌رسید، پافشاری و ایستادگی می‌کرد. یکی از آن موارد همین تحلیل‌های اگر نگوییم مارکسیستی، باید بگوییم چپ‌گرایانه و غیرتوحیدی از قرآن بود حتی گاهی با دکتر شریعتی هم این بحث‌ها را داشت. آن موقع برخی از همین دوستان روحانی ما به مرحوم مطهری حمله می‌کردند و می‌گفتند آقای خوئینی‌ها دارد جوان‌ها را جذب می‌کند چرا می‌گویید تفسیرهای او درست نیست؟ ایشان می‌گفت: باید جوان‌ها را با پایه‌ریزی صحیح جذب کنیم، اگر این پایه‌های صحیح نباشد در آینده گرفتار این‌ها خواهیم شد.»

ناطق نوری دراین‌باره می‌گوید: «من بعدها در دادگاه فرقان، از یکی از این‌ها (اعضای گروهک فرقان) سؤال کردم که شما از کجا به اینجا رسیدید؟ او گفت: «ما اول تفسیر پرتوی از قرآن را خواندیم. بعد دیدیم یک کسی روشنفکرتر از او تفسیر می‌گوید و رفتیم به مسجد جوزستان در خیابان نیاوران قدیم!» ناطق نوری در ادامه از قول این عضو گروهک فرقان اضافه می‌کند: «بعد دیدیم یکی انقلابی‌تر از همه این‌ها آمده و روشنفکرتر از همه این‌هاست و او اکبر گودرزی است!» مسیر را ملاحظه می‌کنید. مجاهدین خلق هم بیشتر بچه‌ها را از همین طریق گول می‌زدند. هم در زندان و هم در بیرون از زندان. آن‌ها هم تفسیرهای تفنگی می‌کردند. در سال‌های گذشته نیز بر خی از کتاب‌ها مانند شنود اشباح، نوشته رضا گلپور، موسوی خوئینی‌ها را به داشتن دیدگاه‌های کمونیستی، ارتباط با شوروی و حتی جاسوسی برای کاگ‌ب متهم می‌کنند و از القابی چون روحانی سرخ، مرد خاکستری و پدرخوانده اصلاحات برای او استفاده می‌شود. شایعه تحصیل و اخذ مدرک لیسانس او در دانشگاه پاتریس لومومبای مسکو بسیار معروف است.

گلپور در این زمینه می‌گوید: «خوئینی‌ها یک نوع بینش شدیداً مارکسیستی و دیالکتیکی و تلاش برای استفاده از پتانسیل داغی موجود در برخی افراد مرتبط با حوزه‎های علمیه و همراهی و همگرایی با افرادی که مارکسیسم را محور مبارزه می‎دانند، داشت. تفاسیری که وی در تلاش‎های خود ارائه می‎کرد، به هر شکل ممکن قصد داشت، اعلام کند که آیات قرآن با مبانی مدرن جهان مارکسیسم، در تعارض نیست و به یک شکلی می‎خواهند آیات قرآن را با مطالب به ظاهر مدرن و دیالکتیکی منطبق کنند.»

خود او در مورد این شایعات و فرضیات می‌گوید: «در سال‌های اخیر کتابی به نام شنود اشباح منتشر شد که در ارتباط با من یادداشت‌هایی را از مجلات خارجی جمع‌آوری کرده بود و مرا این‌طور معرفی کرد که یک عنصر وابسته به شوروی هستم، تحصیلاتم نیز در دانشگاه پاتریس لومومبا در مسکو بوده‌است. این کتاب این‌طور می‌خواهد القا کند که چون من از نزدیکان امام بودم، خواسته‌های شوروی را به امام القا می‌کردم، بنابراین آن حرکت‌های تند ضد آمریکایی امام القائات و زمینه‌سازی‌های شوروی بوده است که مهم‌ترین عنصرش من بودم. البته من در مقام تخطئه این نگاه و این کتاب نیستم. هر کسی آزاد است هر طور که می‌خواهد فکر کند. این نگاه و این طرز تفکر آن زمان نمی‌توانست باور کند که یک حرکت ضد آمریکایی کاملاً مستقل و خودجوش صورت گرفته که بی‌ارتباط با شوروی است. حتی به خاطر دارم اولین سالی که بنده به عنوان امیر الحاج به مکه مشرف شدم، در تمام نشریات عربستان این مطالب را چاپ کردند که بگویند این کسی که آمده، مارکسیست است و وابسته به شوروی‌هاست و اصلاً بزرگ‌شده‌ مسکو است.» علی‌رغم اصرار شهید مطهری بر تعطیلی دروس خوئینی‌ها، وی به کار خود ادامه می‌دهد و همزمان نیز رژیم شاه تلاش وافری داشته تا با علم کردن اختلاف میان جمع‌های روحانی (به ویژه روحانی‌هایی که با رژیم طاغوت مبارزه می‌کردند) جریان مبارزه با نظام شاهنشاهی را تضعیف نموده و مردم را نسبت به کلیت آن بدبین نماید. بر همین اساس حضرت امام خمینی (ره) در جریان بلوایی که میان دو قشر روحانی بر سر کتاب «شهید جاوید» به وجود آمده بود، به روحانیون رهنمود دادند که این‌گونه مباحث (موافق و مخالف) را کنار بگذارند، چرا که رژیم از آن سود می‌برد. امام (ره) درعین‌حال نقش ساواک را در پیدایی و بزرگ شدن چنین اختلافاتی محتمل می‌دانستند. بر همین اساس باید گفت مباحث انحرافی آن حلقه تفسیری اگرچه از منظر بزرگانی نظیر مقام معظم رهبری و شهید مطهری یک خطر محسوب می‌شد، ولی علنی شدن اختلاف میان طبقه روحانی را خطری بزرگ‌تر قلمداد می‌کردند و لذا از کنار این مباحث عبور کردند؛ هرچند شهید مطهری در مجموعه کتاب‌های «جهان‌بینی توحیدی» بدون اشاره به این حلقه تفسیری، مباحث آن و مباحث حلقه‌های مشابه را مورد انتقاد عالمانه خود قراردادند.

از پیروزی انقلاب تا وفات امام خمینی (ره)[ویرایش]

نقطه شروع فعالیت‎های موسوی خوئینی‎ها به عنوان یك عضو فعال سیاسی، بعد از انقلاب و در جریان تسخیر لانه جاسوسی بود. در واقع از همان زمان به بعد بود كه او شناخته شد و نامش تا حدی روی زبان‎ها افتاد. علت ورود وی به جریان سیزدهم آبان، رابطه دوستی او با مرحوم سید احمد خمینی، ‎فرزند امام خمینی (ره)، بود. او به این واسطه وارد ماجرای لانه جاسوسی شد و در طول دوران نگه‎داشتن دیپلمات‎های آمریكایی توسط دانشجویان، به عنوان كانون قدرتی در برابر دولت وقت و دولت بنی‎صدر ایستادگی كرد؛ زیرا علی‌رغم همه حمایت‌های حضرت امام (ره) و مردم از دولت، افرادی در دولت موقت در رأس امور قرار داشتند كه با اوضاع انقلابی آن زمان همراه نبودند. حتی بنی‎صدر نیز با این‎كه تا پیش از این‎كه مسئولیت كلانی در امور اجرایی به عهده بگیرد، با دانشجویان در جریان تسخیر لانه همراهی داشت و با موسوی خوئینی‎ها در این جریان همفكر بود، بعدها به دلیل سیاست‎هایی كه در مورد آزادی دیپلمات‎های آمریكایی اتخاذ كرد، از این مسیر فاصله گرفت و مورد انتقاد شدید خوئینی‎ها واقع شد.

«موسوی خوئینی ها» كه ساعتی پس از اشغال لانه جاسوسی آمریكا توسط دانشجویان مسلمان پیرو خط امام، به جمع آنان پیوست، در دومین روز اشغال لانه جاسوسی، در مقابل خبرنگاران رسانه‌های جمعی و دانشجویان حاضر در این محل به سخنرانی كوتاهی پرداخت كه متن آن را می‌خوانید: «ما باید توجه داشته باشیم كه به همین اندازه كه این عمل عظیم است بار این مسئولیت بر دوش ما هم عظیم‌تر است، اگر ما اینجا نیامده بودیم و به این کار دست برده بودیم شاید چنین مسئولیتی بر عهده ما نبود. بنابراین ما با خطرناک‌ترین دشمنی رو در رو ایستاده‌ایم، منفورترین دشمن از نظر ملت ایران، چنانكه امام در سال‏های 42 و 43 فرمودند كه رئیس‌جمهور آمریكا بداند كه امروز منفورترین انسان روی زمین در نظر ملت ایران است. شما اكنون بیان‌کننده خواست ملت ایران هستید و الا منهای ملت و امت اسلام، ما با این جمعیت ‌اندك چیزی نیستیم؛ اما رفتار ما با این‌ها رفتار با یك دشمن خطرناك است كه كمترین اغماض و چشم‌پوشی و عفو و برادری با آن‌ها نداریم زیرا این‌ها همیشه دشمن ما و دشمن ملت مسلمان هستند ولی باید اصول انسانی اسلامی را در رفتار با دشمن دقیقاً رعایت كنیم درحالی‌که ما با اینان هرگز كمترین رابطه دوستی و برادری نداریم. این‌ها همان كسانی هستند كه چندین ساعت مقاومت كردند تا اسناد خیانتشان را به ملت ایران و ملت‌های مسلمان در منطقه نابود كنند و از بین ببرند كه خود این عمل بزرگ‌ترین سند و دلیل خیانت این‌هاست. اگر ملت ما به جزئیات این اسناد نتوانست پی ببرد اما با این عمل متوجه شد كه یك لانه جاسوسی خطرناك را در منطقه تصرف كرده، نه یك سفارتخانه را...اگر ما با آن‌ها رفتاری انسانی می‌كنیم نه اینكه آن‌ها را انسان می‌دانیم، آن‌ها درنده هستند اما چون خودمان را مسلمان می‌دانیم برای حفظ كرامت انسانی و اسلامی خود رفتاری كه به شخصیت اسلامی بربخورد انجام نخواهیم داد.»

موسوی خوئینی‌ها در قسمت دیگری از سخنان خود گفت: «خواسته ما تنها استرداد محمد‌رضای خائن و مخلوع نیست بلكه ما مسایل بسیار مهم‌تری داریم و منظور از ما ملت ایران است. ملت ایران هر اجازه‌ای به مان بدهد ما آن را انجام خواهیم داد اگر ملت و یا امام دستور تخلیه این محل را صادر كنند، ما تخلیه می‌كنیم ما در همه حركات نشان خواهیم داد كه آمریكا را و مزدوران او را دشمن خود و ملت مسلمان می‌دانسته و می‌دانیم و خواهیم دانست.»

در پایان این صحبت چند سؤال از موسوی خوئینی‌ها شد: سؤال: اگر دولت با شما مخالفت كند، چه می‌كنید؟ جواب: اگر ما می‌خواستیم با دولت کارکنیم از اول اینجا نمی‌آمدیم. سؤال: اگر دولت در مخالفت با شما كسی را بفرستد و با شما درگیری پیدا شود چه می‌كنید؟ جواب: قبول نخواهیم كرد تا معلوم شود دولت چه می‌كند.

پرونده انفجار نخست‌وزیری و... آن چیزی که بایستی در بررسی زندگی موسوی خوئینی‌ها بیشتر بدان بپردازیم، فراز و فرود رهایی متهمین انفجار نخست‌وزیری است. یكی از سؤالاتی كه مطرح گردیده، پیرامون نامه شهادت بر برائت متهمین توسط برخی مسئولین وقت به امام، دستور ایشان بود. بررسی این نامه از آن رو حائز اهمیت است كه با گذشت بیش از 23 سال و تغییر دیدگاه بسیاری از سیاسیون، امضاکنندگان آن در انتخابات اخیر و حوادث پس از آن مواضعی بسیار مشابه اتخاذ كردند و به عبارت دیگر نمایانگر ریشه‌های فكری مشترك میان تبرئه كنندگان متهمین شهادت شهیدان رجایی، باهنر و طیفی از اغتشاشگران امروز است. پرونده انفجار نخست‌وزیری توسط گروهی به مسئولیت بهزاد نبوی خارج از روال قانونی و قضایی تحت بررسی قرار گرفت؛ با حساسیت قوه قضائیه و انحلال این كمیته، در اولین مراحل تحقیق گروه، نبوی مورد سوءظن بازپرس ویژه قرار می‌گیرد و به دستور وی، این گروه منحل و بعضی از اعضای آن بازداشت می‌گردند؛ اما بهزاد نبوی با برخورداری از اهرم‌های فشار گوناگون توانست مانع از رسیدگی كامل به پرونده گردد. یكی از پشتیبانان او در این عرصه، موسوی خوئینی‌ها بود. او مانع از بازجویی از حجاریان و نبوی می‌گردد و حتی آن گونه كه برخی از حاضران نقل می‌كنند، خوئینی‌ها با جعبه شیرینی به دیدن متهمین می‌رود و آن‌ها را دعوت به استقامت كرده و از رهایی نزدیك آن‌ها خبر می‌دهد. خوئینی‏ها همچنین دستور می‌دهد تا متهمین كنار هم باشند كه علی‌رغم توضیح در این خصوص كه موارد اتهامی این‌ها یكی است و هنوز تحقیقات تمام نشده و دادگاه نیز در پیش است و این امر می‌تواند باعث تبانی شده و در روند رسیدگی اخلال ایجاد كند. او تأكید می‌كند كه این دستور همین امشب انجام گردد كه این امر موجب اعلام استعفای مسئولین پرونده می‌شود و خوئینی‌ها نیز با ابراز این كه تاكنون با شما مماشات كرده‌ام، می‌گوید همین فردا تكلیف شما را روشن می‌كنم. همزمان رازینی به نقل از آقای منتظری اعلام می‌كند كه قائم‌مقام (وقت) رهبری گفته‌اند اگر چیزی نیست، آزاد كنید! این اقدامات اما مورد انتقاد برخی مسئولین وقت شورای عالی قضایی قرار می‌گیرد كه خواستار ادامه تحقیقات و تعیین تكلیف پرونده‌ها در دادگاه شده بودند؛ اما سرانجام پرونده كه بارها با فشارهایی مواجه گردیده بود، متوقف گردید. در این میان 61 تن از وزرا، نمایندگان و مسئولین توماری به دفاع از متهمین امضا می‌نمایند و به محضر حضرت امام (ره) ارسال می‌نمایند و همزمان 62 نماینده مجلس نیز به قوه قضائیه تذكر داده و خواستار پیگیری جدی پرونده نخست‌وزیری می‌شوند. این طومار و تذكر مورد توجه رسانه‌ها قرار می‌گیرد و متعاقب ارسال تومار به حضرت امام (ره)، ایشان آیت‌الله اردبیلی، رئیس وقت شورای عالی قضایی، موسوی خوئینی‌ها دادستان وقت كل و دادستان وقت انقلاب تهران را به حضور می‌طلبند. آن گونه كه گفته شده است، حضرت امام (ره) در آن جلسه بسیار عصبانی بوده‌اند و پس از استماع گزارش‌ها و تأكید موسوی خوئینی‌ها به این كه «به پرونده رسیدگی نمودیم و مسئله خاصی در پرونده‌ها وجود ندارد»، دستوری می‌دهند كه دو گونه نقل شده است. برخی نظر امام را این‌گونه می‌دانند كه ایشان به دلیل شرایط جنگی كشور و بحران‌هایی كه به سبب اختلافات حاصل از این پرونده پدید آمده بود، فرموده‌اند: «فعلاً مسكوت بماند.» برخی دیگر نیز مدعی‌اند كه امام فرمودند كه «متهمین را آزاد و پرونده را مختومه نمایید.» دادستان انقلاب تهران بلافاصله دستور امام مبنی بر آزادی متهمین را اجرا می‌كند اما درباره روند قضایی پرونده و این‌كه دستور امام مسكوت ماندن یا مختومه شدن آن است اختلافی پدید می‌آید. سرانجام موسوی خوئینی‌ها خود مصاحبه كرده و از قول امام خبر از مختومه شدن پرونده می‌دهد. جملات امام در آن جلسه اما از سوی خوئینی‌ها در محافل به گونه‌ای نقل می‌گردید كه مورد انتقاد دیگر حضار قرار می‌گیرد. نكته جالب اینجا است كه به رغم حساسیت بالای این جلسه و علی‌رغم تلاش متهمین برای نسبت دادن مختومه شدن پرونده به امام، جملات امام در صحیفه نور درج نمی‌گردد. ‌این اقدام با توجه به حضور چهره‌های نزدیك به خوئینی‌ها در مجموعه تدوین‌کننده صحیفه نور، می‌تواند دو گونه تأویل گردد، یا با استناد به این‌که ‌این سخنان محرمانه بوده است، از درج آن خودداری شده تا نسخه مخدوش خوئینی‌ها همچنان مستند بماند و یا امام برای جلوگیری از بالا گرفتن دوباره اختلافات، دستور به عدم انتشار واقعیت آن جلسه داده‌اند؛ اما در خردادماه سال گذشته «عصر نو»، نشریه داخلی سازمان مجاهدین انقلاب در مقاله‌ای كه تلاش می‌نمود اعضای این سازمان را از اتهامشان در پرونده مبرا نماید؛ جملاتی را به امام نسبت داد كه طبق حكم صریح امام مسموع نیست.

بنیان‌گذار كبیر انقلاب در نامه‌ای در پاسخ به سؤال فرزندشان فرموده بودند: «مع الأسف درحالی‌که من زنده هستم بسیارى از مطالب كه از طرف بعضی اشخاص یا بعضی گروه‌ها در نوشتار و گفتارها به من نسبت مى‏دهند، برخلاف واقع است. امروز كتاب‌ها و رساله‏هاى فراوانى چاپ یا در دست چاپ است كه عمداً یا اشتباهاً براى دروغ‌پردازی و تاریخ‌سازی بنا شده است. باید ملت عزیز بدانند كه میزان در صحت آنچه به من نسبت داده شده است و مى‏شود نوشته‏هاى خود من و گفته‏هاى من كه ضبط شده است و گفته‏هاى من در زمان حیاتم در روزنامه‏هاى كثیرالانتشار مى‏باشد و یا به شهادت دو نفر عادل از اهل علم، خالى از گرایش به احزاب یا گروه‌های سیاسى ثابت شود و قید آخر براى آن است كه بعضی اشخاص سیاسى براى مقاصد خویش توجیه دروغ را مى‏نمایند، گر چه به حسب ظاهر، موصوف به دیانت باشند. به خداى تبارك و تعالى پناه مى‏برم از شر شیطان و نفس اماره ... روح‌الله الموسوى الخمینى.» با پایان نیافتن این رویه، سید احمد خمینی نامه مجددی به پدر می‌نویسد كه گاه جراید و بولتن‌ها، سخنان شما را متفاوت نقل كرده‌اند، در این موارد چه باید كرد و با تذکر این‌که «این تردید در جایى است كه دسترسى به صدا و خط حضرت عالی نیست و این هم بسیار است چرا كه خیلى وقت‌ها است كه صحبت‌هاى جنابعالى را من و یا یكى دیگر از دوستان مى‏نویسیم و بعد از تصویب شما به مطبوعات و غیره مى‏دهیم، چه كسى باید تشخیص دهد آن جمله از حضرت‌عالی است یا نه؟» همچنین می‌پرسد كه مسئله دیگر این است كه تكلیف نامه‏ها و نوشته‏ها و پیام‌ها و فیلم و نوارها و اشعارتان كه به طور كلى منتشر نشده است و در بایگانى دفتر موجود است را هم روشن بفرمایید. امام پاسخی می‌دهند كه تشخیص آن را منحصر، به فرزندشان می‌كنند و می‏گویند: «از آنجا كه شما را بحمداللَّه تعالى در مسائل سیاسى و اجتماعى صاحب‏نظر مى‏دانم و در تمامى فراز و نشیب‏ها در كنار من بوده‏اى و هستى و با صداقت و كیاست امور سیاسى و اجتماعى، این‌جانب را متصدى هستى، لهذا شما را براى تنظیم و تدوین كلیه مسائل مربوط به خود كه بسا در رسانه‏هاى گروهى اختلافات و اشتباهاتى رخ داده است، انتخاب مى‏نمایم؛ و از خداوند متعال كه حاضر و ناظر است، توفیقات شما را خواستارم. امید است با صرف وقت و دقت نظر این امر را به پایان برسانى.» اما در یك تخطی آشكار از این رویه، بدون آنكه مورد انتقاد مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره) در ارگان این سازمان، متنی به امام منصوب می‌گردد كه‌ این‌گونه آغاز می‌گردد: «علت اینكه آقایان را زحمت دادم، این بود كه نامه‌ای را عده‌ای از آقایان برای من نوشته و فرستاده‌اند كه شهادت داده‌اند ما این افراد را می‌شناسیم و تأیید می‌كنیم و مسئله این نیست كه چند نفر را بگیرند و محكوم كنند، بلكه قضیه این است كه افراد مؤمن به انقلاب و جمهوری اسلامی را كنار بزنند و افرادی كه مخالفند کم‌کم روی كار بیایند...» و در ادامه می‌نویسد كه پس از توضیحاتی كه اعضای حاضر در جلسه دادند، حضرت امام دو دستور می‌دهند. یكی اینكه «این پرونده باید خاتمه داده شود» و دیگر اینكه «این افراد را من خودم باید درباره‌شان تحقیق كنم ...» یكی از متهمین این پرونده در مصاحبه‌ای در دفاع از خود به سخنان امام استناد می‌كند و مأخذ آن را متنی اعلام می‌كند كه موسوی خوئینی‌ها در اختیار آن‌ها قرار داده است. گویا این متن منتشرشده همان متنی است كه خوئینی‌ها منتشر نمود و مورد اعتراض حضار در جلسه قرار گرفت؛ اما آنچه مسلم است یكی از دلایل دستور امام (چه مسكوت ماندن باشد و چه خاتمه)، نامه 60 مسئول به ایشان و شهادت بر بی‌گناهی متهمین بوده است. در متن این نامه كه با امضای سید محمد خاتمی وزیر وقت ارشاد آغاز و با امضای عبدالكریم سروش خاتمه می‌یابد، پس از مقدماتی آمده است: «تا به امروز بیش از چند ماه است كه جمعی از برادران مخلص و متعهد به اسلام و جمهوری اسلامی‌ و از جمله یاران شهید رجایی كه هر یك از ما یك و یا چند نفر از آنان را می‌شناسیم، به اتهاماتی یكسر بی‌اساس و واهی و دردآور و زبان مال لال آن هم به خونخواهی آن شهید بزرگوار به بند كشیده شده‌اند؛ تا به امروز بنا به حرمت و حفظ شئونات قوه محترم قضائیه کلامی ابراز نكردیم ولی هنگامی‌كه مسئله از حد خواص ناگهان، به صفحه اول روزنامه داخل كشور كشیده می‌شود و به دنبال آن دستاویز و خوراك برای رادیوهای بیگانه فراهم می‌كند، ناچار از بازگو کردن این درد شدیم و تقاضای امعان نظر عاجل داریم» فارغ از اینکه در ابتدای امر برخی از دوستان همین جریان به بی‌گناهی كشمیری نیز شهادت داده بودند؛ ادعای بی‌گناهی آن‌ها در میان امضای تک‌تک آن‌ها نیز تنها منحصر به چند متهم است اما آن را به كل متهمان تعمیم داده‌اند.

خوئینی‌ها به دنبال سندسازی برای شهید بهشتی یکی از مسئولانی که وظیفه جمع‌آوری اسناد لانه جاسوسی را بر عهده داشت و همچنین بریده این اسناد را در کنار هم می‌چید روایت می‌کند که یک روز موسوی خوئینی‌ها آمد پیش من و گفت: آیا سندی از ارتباط آیت‌الله بهشتی با آمریکا وجود دارد یا نه؟

خوئینی‌ها دادستان انقلاب در دهه ابتدایی پیروزی انقلاب معاون وقت دادستانی انقلاب اسلامی مرکز در این زمینه می‌گوید: «امام اصلاً آقای خوئینی‌ها را نمی‌شناختند. امام فرمودند: «من ایشان را نمی‌شناسم، ولی افرادی که مورد اعتماد من هستند به من گفتند، لذا من ایشان را به عنوان دادستان انقلاب معرفی می‌کنم.» احمد قدیریان در پاسخ به این سؤال که چه کسانی آقای خوئینی‌ها را به عنوان دادستان انقلاب به امام معرفی کرده بودند، می‌گوید: آقای منتظری و بعضی از دیگر مسئولین نظام»

خوئینی ها از وفات امام خمینی (ره) تاکنون[ویرایش]

امیرحسین مهدوی عضو مستعفی سازمان مجاهدین انقلاب، در پاسخ به سؤال خبرنگار خبرگزاری فارس كه كدام احزاب سیاسی حال حاضر كشور را به جهت تئوریك به سازمان مجاهدین نزدیك می‎دانید، می‎گوید: «یقیناً از این جهت نزدیك‎ترین گروه‎ها به سازمان، جبهه مشاركت و مجمع روحانیون هستند... سران مجمع هم به ویژه آقایان موسوی خوئینی‎ها و خاتمی از جایگاه خاصی بین اعضای سازمان برخوردار بوده و نقش تعیین‎كننده‎ای در رویكردهای سازمان و به ویژه جهت‎گیری‎های آن و تنظیم فهرست‎ها در انتخابات داشتند.» به این ترتیب، نفوذ غیرقابل‎انكار خوئینی‎ها بر هر سه حزب بزرگ و محوری جریان اصلاحات مشخص می‎شود. شاید به همین دلیل است كه وقتی روزنامه «سلام» كه متعلق به وی است توقیف می‎شود، قائله هیجده‌ام تیرماه 1378 پدید می‎آید. درحالی‌که در همان سال‎ها اصلاح‎طلبان با توقیف‎های متعددی در مورد روزنامه‎های خود مواجه بودند و هیچ‎گاه چنین عكس‎العمل شدید و غیرقانونی را از خود بروز ندادند. راز حضور مهندس موسوی در انتخابات ریاست‎جمهوری آن‌ها بعد از بیست سال سكوت منفعلانه و انزوای سیاسی را هم می‎توان در تأثیرگذاری موسوی خوئینی‎ها جست. چه این‎كه حضور سؤال‎برانگیز موسوی و كناره‎گیری تعجب‎آور خاتمی به نفع وی، در پی اظهار تمایل وی به كاندیداتوری موسوی و ارجحیت موسوی بر خاتمی صورت گرفت. اخبار جسته و گریخته‎ای هم كه از جلسات محرمانه اصلاح‎طلبان در قبل و بعد از انتخابات به فضای رسانه‎ای درز می‎كرد، همگی نشان از تصمیم‎گیری با محوریت موسوی خوئینی‎ها داشت. از این جای كار به بعد همان عدم شفافیت و پیچیدگی‎ فضا دست ما را بر تحلیل شرایط بادی‌های برنجی اخبار قابل استناد می‎بندد؛ بنابراین باز هم به تئوری رجوع می‎كنیم. گمانه‎زنی فراوانی پیرامون نقش و عملكرد موسوی خوئینی‎ها در بسیاری از حوادث و وقایع انقلاب موجود است. از ماجرای تأیید صلاحیت بنی‎صدر تا مخالفت با رهبری، حضرت آیت‎الله خامنه‎ای در جلسه چهاردهم خرداد مجلس خبرگان. اساساً به همین دلیل است كه پدرخوانده‎ها به اطرافیان خود توصیه می‎كنند: «هیچ‎وقت اجازه ندید، كسی بیرون از خانواده بدونه شما به چی فكر می‎كنین.» موسوی خوئینی‌ها پس از وفات امام خمینی (ره) بجز مدتی حضور در مجمع تشخیص مصلحت نظام، هیچ مسئولیت رسمی جدی نداشت و با انتشار روزنامه توقیف‌شده سلام، (1370 تا 1378) که به شدت از سیاست‌های دولت انتقاد می‌کرد، نقش مهمی در پیروزی محمد خاتمی در انتخابات سال 1376 ایفا کرد. خوئینی‌ها بعد از وفات امام خمینی (ره) برخلاف دهه اول جمهوری اسلامی پست‌های چندان مهمی بر عهده نداشت. او در سال 1368 مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام را تأسیس کرد که تعدادی از فعالان دانشجویی دوران انقلاب و اصلاح‌طلبان دهه بعد در آن فعالیت می‌کردند. در سال 1369 درحالی‌که که نماینده دوره اول مجلس خبرگان بود به همراه تعداد زیادی از دیگر اعضای مجمع روحانیون مبارز برای نمایندگی در دوره دوم مجلس خبرگان رهبری رد صلاحیت شد. در سال 1370 برای شرکت در انتخابات مجلس چهارم تأیید صلاحیت شد؛ ولی در اعتراض به رد صلاحیت‌ها از کاندیداتوری انصراف داد. فعالیت مهم او تأسیس روزنامه سلام بود که انتقادات همفکران خوئینی‌ها نسبت به سیاست‌های دولت وقت را منعکس می‌کرد و نقش مهمی در پیروزی سید محمد خاتمی در انتخابات سال 1376 ایفا کرد. روزنامه سلام در سال 1378 توقیف شد و خوئینی‌ها در دادگاه ویژه روحانیت به جرم انتشار اسناد محرمانه کشور به محاکمه کشیده شد. اعتراض دانشجویان طرفدار وی به توقیف روزنامه سلام آغازگر حمله به کوی دانشگاه تهران و حوادث روزهای پس از آن شد. در پی استعفای مهدی کروبی در سال 1384 مجمع روحانیون مبارز خوئینی‌ها را به عنوان دبیر مجمع برگزید. سردار جعفری فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، می‌گوید: خوئینی‌ها در بهمن 1378 در یک جلسه خصوصی گفته بود: ما باید بیاییم و توان خود را بگذاریم و به هر قیمتی رهبری را از تخت پایین بکشیم، او باید بفهمد این مملکت این‌طور نیست که ایشان هر طور که خواستند این نظام را به هر سمتی بکشند. حمیدرضا ترقی عضو ارشد حزب مؤتلفه اسلامی نیز در باره موسوی خوئینی‌ها می‌گوید که وی طی سه دهه گذشته همیشه در قامت یک عنصر پشت پرده درصدد ایجاد کودتا و یا آشوب در ایران بوده و حتی ترور شهید مطهری را به او نسبت داد.

آشوب‌های بعد انتخابات و نقش خوئینی‌ها در آن موسوی خوئینی‌ها درست پس از رحلت امام (ره) اعلام كرده بود: «ما نسبت به برخی اندیشه‎های امام (ره) انتقاداتی داشتیم اما در حیات ایشان به دلیل ریش‌سفیدی ایشان جرأت طرح آن‎ها را نداشتیم.» این مواضع باعث شد تا پس از رحلت امام (ره) آرام‌آرام مخالفت وی با جریان انقلاب تقویت شود و از نظر فكری با سایرین فاصله بگیرد. با وجود اینكه رهبر معظم انقلاب در سخنانی صریح و روشن، معترضان به نتیجه انتخابات را به حركت در مسیر قانونی و خودداری از «زورآزمایی و اردو کشی خیابانی» توصیه كردند، مجمع روحانیون مبارز كه در بیانیه‌ای مردم را به ادامه اعتراضات خیابانی فراخوانده بود تا ساعات پایانی منتهی به این تجمع غیرقانونی تلاشی برای لغو این برنامه نكرد. مجمع روحانیون مبارز در حالی بر برگزاری این اجتماع غیرقانونی در روز شنبه اصرار داشت كه حتی موضع‌گیری و هشدار آشكار شخصیت‌های سیاسی و مذهبی هم نتوانست، مجمع روحانیون را از برگزاری این مراسم منصرف كند. این در حالی بود كه از صبح روز شنبه كه این موضوع به خبر اول سایت‌ها تبدیل شد، گمانه‌زنی‌هایی درباره احتمال لغو این راهپیمایی نیز در كنار آن خودنمایی كرد اما با گذشت چند ساعتی از این گمانه‌زنی‌ها، خبری از تصمیم مجمع به گوش نرسید. برخلاف اعتقاد برخی از اعضای مجمع، تعلل سؤال‌برانگیز دبیر این تشكل هم چنان ادامه یافت تا اینكه بنا بر برخی گزارش‌ها آشوبگران آرایش نهایی خود را برای زدن ضربه دیگری بر پیكره «امنیت شهر» صورت دهند. در این هنگام بود كه ناگهان خبری فوری بر پیشانی سایت‌ها و خبرگزاری‌ها نشست. «راهپیمایی امروز مجمع روحانیون لغو شد»، این عنوان خبری بود كه با امضای موسوی خوئینی‌ها، دبیر مجمع روحانیون مبارز، در آستانه شكل‌گیری آشوب دیگری در تهران، راهی خروجی سایت‌های خبری شد اما دیگر دیر بود چرا كه همه چیز برای خلق یك شرایط غیرعادی مهیا شده بود. ساعاتی بعد اخبار اندوه‌بار از آشوب و اغتشاش، یكی پس از دیگری خیابان آزادی را برای مردم دورترین نقاط كشور نیز به تصویر كشید. آن چنان كه منابع رسمی گزارش دادند، علاوه بر خسارت‌های میلیاردی به اماكن خصوصی، عمومی و به آتش كشیده شدن مسجد لولاگر در نزدیكی خیابان آزادی، 10 شهروند بی‌گناه كشته و 100 نفر نیز زخمی شدند. تعلل چند ساعته و مشكوك دبیر مجمع روحانیون در لغو راهپیمایی 30 خرداد بدون وجود کوچک‌ترین توجیه را هرگز نمی‌توان در شکل‌گیری آشوب‎های این روز نادیده گرفت. تعللی كه موسوی خوئینی‌ها را از شكایت خانواده‌های كشته‌شدگان، مجروحین و مالباختگان در امان نگه نخواهد داشت. بیانیه لغو تجمع غیرقانونی مجمع روحانیون كه ساعت‌ها معطل امضای موسوی خوئینی‌ها ماند را شاید بتوان تلاشی تلقی كرد، برای خالی كردن شانه از بار مسئولیت و پیامدهای آشوبی كه خیابان آزادی را در خود فروبرد. البته تكلیف این نوع رفتارهای مشكوك، پیش از این، از سوی رهبر معظم انقلاب مشخص شده بود. ایشان در جمع نمازگزاران میلیونی تهران بابیان اینكه «اگر نخبگان سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، خواسته یا ناخواسته، مسئول خون‌ها، خشونت‌ها و هرج و مرج‌ها خواهند بود»، تکلیف «فرماندهان آشوب‌ها» را به وضوح روشن كرده بودند. به نظر می‎رسد دستگاه قضایی علاوه بر میرحسین موسوی به عنوان مسبب اصلی آشوب‏های پس از انتخابات تهران، ‌دبیر مجمع روحانیون مبارز را نیز به عنوان اصلی‌ترین عامل آشوب‎های روز شنبه تهران پای میز محاكمه بكشاند و بر طبق وظیفه خود و برای احقاق حقوق همه كسانی كه در آشوب 30 خرداد هزینه داده‌اند، از موسوی خوئینی‌ها توضیح بخواهد. هر چند این اقدام قضایی در كنار شكایاتی خواهد بود كه از سوی شاكیان خصوصی دامن دبیر مجمع روحانیون را خواهد گرفت.

نگارش رساله‌ای در باب ولایت‌فقیه موسوی خوئینی‌ها در حال نوشتن رساله‌ای در باب ولایت فقیه است. وی در این کتاب ضمن بررسی مبانی ولایت‌فقیه تلاش دارد تا قرائت جریان اصلاحات از بحث ولایت مطلقه‌ی فقیه را تدوین و منتشر کند. صفار هرندی پیش از این به نقل از خوئینی‌ها گفته بود: موسوی خوئینی‌ها گفته بود که من زمان امام (ره) هم ولایت مطلقه را قبول نداشتم اما رویمان نمی‌شد، ولی حالا می‌گویم که از ابتدا هم این مسئله را قبول نداشته‌ام. گفتنی است وی در شورای بازنگری قانون اساسی هم گفته بود که بعضی از فقها اصلاً چنین ولایتی را نه مطلقش و نه حتی در این حدی که در قانون اساسی ما الان هست را قبول ندارند.